Хөвсгөл аймгийн Мөрөн сумын Ерөнхий боловсролын “Нутгийн-Аваргууд” сургууль нь анх Аймгийн ИТХ-ын 2009 оны 02-р сарын 11-ний өдрийн 68 тоот тогтоол гарч Аймгийн Засаг Даргын 2009 оны 02-р сарын 12-ны өдрийн 58 тоот захирамжаар “Гурван аварга” спортын дунд сургууль нэртэйгээр үүсгэн байгуулагдсан ба Мөрөн сумын Засаг даргын 2009 оны 08-р сарын 07-ны өдрийн тушаалаар спортын мастер М.Бат-Эрдэнэ захирлаар томилогдон үйл ажиллагаагаа явуулж эхэлсэн түүхтэй. Тус сургуулийн нэрийг 2013 оны 03-р сарын 15-ны өдрийн А/68 тоот захирамжаар Нутгийн-Аваргууд спортын төрөлжсөн сургалттай сургууль болгон өөрчилж үйл ажиллагаагаа өргөжүүлэн ажиллаж байна.


2021 оны 10-р сард 480 хүүхдийн хичээлийн байр шинээр ашиглалтад орж Ерөнхий боловсролын “Нутгийн-Аваргууд” сургуулийн хичээлийн байр актлагдсан байсан тул шинэ хичээлийн байрандаа шилжин ирж хичээл сургалтын үйл ажиллагаагаа явуулж эхэлсэн. БСШУЯ-ны сайд Л.Энх-Амгалан болон УИХ гишүүн Л.Мөнхбаатар нар аймаг орон нутгийн бүх удирдлагуудад сургуулийн нийт багш, ажилтан, эцэг эх, суралцагчдынхаа өмнөөс талархаж байгаагаа илэрхийлье.